Im Anschluss an sein Studium wurde er als Posaunist zu den Berliner Symphonikern verpflichtet und ist seit 1992 stellvertretender Soloposaunist im Philharmonischen Orchester Freiburg.
Seit 1996 ist er Mitglied des Kammerensembles bach, blech & blues.
Hubert Mayer ist seit Wintersemester 2005/06 Lehrbeauftragter für Posaune/Methodik an der Musikhochschule Freiburg.